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Déterminisme génétique de la spécificité des vibriophages dans la nature La coévolution entre les bactériophages et leurs hôtes bactériens est un élément clé de la coexistence de ces ennemis de longue date. Des études récentes ont révélé le rôle majeur des éléments génétiques mobiles dans l'émergence de bactéries résistantes aux phages, mais la manière dont les phages échappent à ces défenses reste à explorer. Nous montrons ici un parallèle frappant entre l'évolution de la défense des hôtes et l’échappement des phages dans des populations naturelles. Nous avons établi une large collection de phages et de leurs hôtes bactériens. Nous avons exploré la structure génétique de leur interaction. Nous avons observé que des groupes génomiques de phages (ou cluster) sont spécifiques de clades au sein d'une espèce bactérienne, Vibrio crassostreae. Cette spécificité est régie par l’adsorption des phages. Par la suite, des mécanismes de défenses intracellulaires empêchent la production de phages chez certains hôtes. Les génomes bactériens contiennent de multiples gènes de défense et la susceptibilité aux phages est négativement corrélée à la taille de leur génome. Les phages présentent également une grande variation du contenu en gènes, mais la taille de leur génome reste conservée. Nous montrons qu’en échangeant des gènes d’anti-défense, les phages changent irréversiblement d'hôte. Nous proposons un "système d'échappement" qui peut être partagé par recombinaison homologue entre les phages au sein d'une population qui infecte un hôte bactérien.